以宏伟建筑项目而闻名的查士丁尼一世皇帝曾于公元527年至536年间下令修建这座教堂。它最初名为“圣塞尔吉乌斯与圣巴克斯教堂”，用以纪念两位基督教殉道者。教堂别具一格的设计——以中心穹顶为特色——在当时堪称开创之举，或许也启发了更宏大的圣索菲亚大教堂的建造。
1453年奥斯曼人攻陷君士坦丁堡后，这座教堂被改建为清真寺，名为Kucuk Ayasofya Camii或“小圣索菲亚清真寺”。之后增建了宣礼塔和宗教学校。尽管经历地震和潮湿等挑战，甚至在战争期间还曾充当避难所，但凭借广泛的修复工作，这座清真寺仍是一处重要的历史遗址。
从外观来看，“小圣索菲亚清真寺”的设计简洁却不失雅致，体现了其时代的建筑技法。建筑为八角形，宏伟的穹顶由八根柱子支撑。你越靠近，越会被一方迷人的庭院所迎接：小花园与喷泉相伴，营造出可供驻足停留、细细品味周围景致的宁静空间。
走进内部，清真寺的宏伟感逐步展开。沿北、西、南三面设置两层拱廊，装饰着古绿色（verd antique）与红色的Synnadic大理石柱。展现了过去几个世纪工艺的这些柱子，支撑着被分为十六个区段的穹顶。内部还刻有铭文，以十二行希腊六步格诗文歌颂查士丁尼皇帝、他的妻子狄奥多拉以及圣塞尔吉乌斯，从而为室内增添了历史意义。
“小圣索菲亚”虽然不如它更宏大的同名建筑那样传奇，但也流传着一些引人入胜的故事。一个传说讲述：查士丁尼皇帝在登基之前，曾被指控犯下叛国罪。圣塞尔吉乌斯与圣巴克斯在梦中向查士丁尼一世显现，替他辩护，呼吁相信其清白。出于对他们介入的感激，查士丁尼发誓要为他们建造一座教堂，这最终促成了“小圣索菲亚”的诞生。
另一个故事则强调这座清真寺的建筑意义，暗示它曾是用于检验在宏伟圣索菲亚中完善起来的技术的试验场。尽管这并非超自然的传说，但它凸显了拜占庭建筑的创新精神。
关于清真寺围墙内隐藏宝藏的低语仍不绝于耳，相传这些宝藏是在奥斯曼征服期间被藏匿起来。虽然此类宝藏是否存在仍无法确定，但这则传说为这处地点增添了一层神秘感。